Die Indikationsgruppe der anderen Mittel für das alimentäre System und den Stoffwechsel ist sehr inhomogen und umfasst verschiedene Teil-Indikationsgruppen. Sie ist außerdem relativ neu anzusehen, da mehr als die Hälfte der zu ihr gehörenden Wirkstoffe noch nicht länger als zehn Jahre zur Verfügung stehen.
Die älteste Teil-Indikationsgruppe, die Mittel zur Behandlung der Azidose, finden bereits seit Jahrzehnten Anwendung. Zu ihren wichtigsten Vertretern in der ambulanten Arzneimitteltherapie gehört das Natriumhydrogencarbonat, das bei der metabolischen Azidose eingesetzt wird, welche durch eine chronische Niereninsuffizienz bedingt ist. Diese Störung ist zudem die häufigste, die mit Mitteln aus dieser Indikationsgruppe behandelt wird.
Ansonsten fallen in die Indikationsgruppe A16 überwiegend sehr seltene angeborene Stoffwechselstörungen (s. 5.3.3). Die meisten der nachfolgend genannten Arzneimittel gehören dementsprechend zur Gruppe der Orphan Drugs.
Zunächst wurden vergleichsweise einfache chemische Verbindungen für die Therapie zur Verfügung gestellt. Seit den 1960er Jahren wird Zinkacetat bei Morbus Wilson eingesetzt, einer Kupferspeicherkrankheit, die unbehandelt zur Schädigung der Leber und des Nervensystems führt. Seit Ende der 1970er Jahre wird Natriumphenylbutyrat zur Behandlung von Stoffwechselstörungen des Harnstoffzyklus erprobt. Bei diesen Störungen führt die Ansammlung von Ammoniak zu schweren Hirnschäden. 1999 wurde Natriumphenylbutyrat zugelassen und gehört damit in Europa zu den ersten Arzneimitteln mit Orphan-Drug-Status, der von der EMA seit dem Jahr 2000 zuerkannt wird. 1983 wurde Levocarnitin eingeführt. Es wird bei verschiedenen Formen des Carnitinmangels eingesetzt. Seit 1998 steht Mercaptamin zur Behandlung der nephropathischen Zystinose zur Verfügung. Der Morbus Gaucher Typ 1 kann seit 2003 auch mit dem Wirkstoff Miglustat behandelt werden – allerdings nur, wenn eine Enzymsubstitution mit Imiglucerase nicht durchgeführt werden kann. Der Wirkstoff wurde 2009 auch zur Behandlung der Niemann-Pick-C-Krankheit, einer erblichen neurodegenerativen Lipidspeicherkrankheit, zugelassen. Der NAGS (N-Acetylglutamat-Synthase)-Mangel kann seit 2004 mit Carglumsäure therapiert werden, die Tyrosinämie Typ 1 seit 2005 mit dem Wirkstoff Nitisinon. Seit 2009 kann Sapropterin zur Behandlung der Hyperphenylalaninämie bei Patienten mit Phenylketonurie eingesetzt werden.
Bei vielen der angeborenen Stoffwechselerkrankungen sind bestimmte körpereigene Enzyme defekt oder sie fehlen. Dadurch lagern sich Stoffwechselprodukte in verschiedenen Organen ab und schädigen diese. Mit den Fortschritten der Biotechnologie wurde es prinzipiell möglich, diese Enzyme in größeren Mengen herzustellen. Für einige Erkrankungen stehen inzwischen Enzympräparate zur Substitution zur Verfügung: 1998 wurde die Imiglucerase zur Behandlung des Morbus Gaucher Typ 1 eingeführt. Seit 2010 steht zur Substitution auch der Wirkstoff Velaglucerase alfa zur Verfügung, Seit 2001 kann der Morbus Fabry mit Agalsidase alfa und beta zur behandelt werden, seit 2003 die Mukopolysaccharidose Typ 1 mit Laronidase, seit 2006 der Morbus Pompe und die Mukopolysaccharidose Typ 6 (M. Maroteaux-Lamy) mit Alglucosidase alfa bzw. Galsulfase.